肛瘘有多种治疗方法，治各有利弊，依据肛瘘位置与复杂程度抉择，如低位可选肛瘘切开术，高位适用挂线疗法等，其目的均为根除瘘管、维护肛门机能。
1、肛瘘切开术：适用于低位肛瘘，手术时将瘘管全部切开，充分敞开创口，靠肉芽组织生长愈合，此方法操作相对简单，治愈率较高，但术后伤口愈合时间稍长，要注意保持伤口清洁，避免感染，配合坐浴等措施促进恢复。
2、挂线疗法：主要用于高位肛瘘，利用橡皮筋的缓慢切割作用，边切割瘘管边使组织愈合，防止肛门括约肌突然断裂而导致失禁，过程中患者可能有轻度疼痛等不适，但能有效保护肛门功能，术后需注意观察橡皮筋的松紧情况。
3、肛瘘切除术：将瘘管及其周围的病变组织一并切除，该方法较为彻底，但手术创伤相对较大，适用于低位单纯肛瘘或复杂肛瘘，术后要做好伤口护理，如定期换药、注意观察有无出血或感染等并发症。
4、括约肌间肛瘘结扎术：这是一种较新的手术方法，通过结扎内口上方的瘘管，阻断瘘管的引流，促使其闭合，具有创伤小、恢复快的优点，不过也需要严格掌握适应证，且术后仍要关注复发情况。
低位肛瘘经合适手术，若护理得当，治愈率高且复发率低，肛门功能多可正常维持，高位肛瘘治疗难度较大，虽有方法保护肛门功能，但仍存在复发风险，术后需长期随访，保持良好生活习惯以巩固疗效，预防再发。
肛瘘手术后的注意事项
饮食调理：术后先以流食、半流食为主，逐渐过渡到软食，增加蛋白质摄入，如瘦肉、蛋类、豆类，助力组织修复，多吃蔬果等高纤维食物，预防便秘，避免用力排便致伤口裂开，忌辛辣、油腻、刺激性食物，减少对伤口刺激。排便管理：养成定时排便习惯，有便意时尽快如厕，避免憋便，若便秘，不可强行用力，可在医生指导下使用缓泻剂，便后用柔软湿厕纸或清水清洗，动作轻柔，防止损伤新生组织，保持肛门清洁干燥。