肛瘘的治疗方法有药物治疗、手术治疗、中医治疗等。
1. 药物治疗：适用于肛瘘初期或作为手术辅助治疗。主要使用抗生素控制局部炎症，缓解疼痛、肿胀等症状，防止感染扩散。还可配合外用药物，如坐浴药物，能清洁肛门局部，减轻炎症，促进局部血液循环，改善不适症状。但药物治疗难以彻底治愈肛瘘，仅能缓解症状。
2. 手术治疗：是肛瘘的主要治疗方式。常见的手术方法有瘘管切开术，将瘘管全部切开，使其敞开创面逐渐愈合；挂线疗法，利用橡皮筋或药线的机械压迫作用，缓慢切开肛瘘，最大程度保护肛门括约肌功能；肛瘘切除术则是直接将瘘管完整切除，适用于低位单纯性肛瘘。手术能直接去除病灶，达到根治目的。
3. 中医治疗：中医对于肛瘘也有独特疗法。如中药内服，依据患者具体症状、体征及辨证结果，选用清热利湿、解毒排脓等功效的方剂，调整机体阴阳平衡，增强抵抗力。还有中药外敷，将具有清热解毒、消肿止痛等作用的中药膏剂或散剂敷于患处，促进局部炎症吸收。
肛瘘患者治疗后要注意肛门局部清洁，排便后及时清洗，防止粪便残留刺激伤口。饮食上避免食用辛辣、油腻等刺激性食物，多吃富含膳食纤维的食物，保持大便通畅，防止便秘或腹泻对肛门造成不良影响。同时，要遵循医生嘱咐定期复查，以便及时了解恢复情况。